Ołtarze boczne w Bazylice poświęcone są Matce Bożej i postaci św. Mateusza, patrona świątyni. Historycznie ołtarze pochodzą z nieistniejącego już kościoła klasztornego Ojców Trynitarzy. Ołtarze po konserwacji całkowicie zmieniły kolorystykę. Prawdopodobnie pod warstwą współczesnej farby konserwatorzy odkryli właśnie taką farbę przypominającą kolor różowy i złoty.