Niezależnie od wszelkich udogodnień, jakie wnosi w regularną egzystencję podatnika dobry program PIT online, senna cykliczność corocznej wymiany finansowo-informacyjnej z organami administracji podatkowej może sporadycznie ulegać zakłóceniom. Klasycznym zjawiskiem tego typu jest postępowanie podatkowe i choć darmowy PIT online sam przez się nie jest (płatny również nie) właściwym narzędziem do koordynacji procedur postępowania, stanowi dobry pretekst dla krótkiego w nie wprowadzenia. Można wszakże przyjąć, że program PIT 2017 online poprzez uproszczenie i częściowe zautomatyzowanie rozliczenia podatkowego ogranicza ilość mimowolnych nieprawidłowości w deklaracjach, a to z kolei nie pozostaje bez znaczenia dla minimalizacji naszych relacji z fiskusem.
Mechanizmy postępowania podatkowego inicjowane są z reguły w wyniku zarejestrowania nieścisłości w rocznym zeznaniu podatkowym podatnika w czasie kontroli podatkowej czy też na bazie informacji uzyskanych w innych kontrolach i postępowaniach. Nie zapominajmy jednak, że postępowanie może wynikać nie tylko z inicjatywy urzędu - wyjaśnia expert portalu https://www.pitax.pl/pity-2017/ Tym samym prawem dysponuje również podatnik, a korzystamy z niego choćby w razie nadpłacenia podatku (i chęci odzyskania nadpłaty). Wszczynane z urzędu postępowanie podatkowe rozpoczyna się z chwilą doręczenia podatnikowi odpowiedniego postanowienia. Jeżeli stroną inicjującą jest podatnik — decydujący będzie moment otrzymania przez urząd jego żądania.
Ponieważ postępowanie podatkowe dotyczy zasadniczo wartości podatku, jego celem zawsze będzie rekonstrukcja faktycznego stanu rozpatrywanej sprawy. Z tego powodu w jego ramach najczęściej mamy do czynienia z postępowaniem dowodowym, w którym podatnik może (i powinien) brać czynny udział (niestety rzadko jest to możliwe bez pomocy profesjonalnego pełnomocnika). Sama konieczność przeprowadzenia postępowania dowodowego oznacza zazwyczaj, że między nami a organem podatkowym wystąpiła niezgoda co do określonych faktów. Jednak postępowanie dowodowe uznaje się za bezpodstawne, jeżeli wszystkie okoliczności wskazują na bezsporność rozpatrywanego przypadku. Na podobnej zasadzie urząd uznaje fakty znane sobie „z urzędu” (powinny one zostać przedstawione stronie, czyli nam), a także „fakty powszechnie znane” za niewymagające dowodu. Przy tych zastrzeżeniach jako dowód powinno zostać dopuszczone wszystko to, co może mieć wpływ na wyjaśnienie sprawy, a jest przy tym legalne w świetle obowiązującego prawa. W konsekwencji zarówno podatnik jak i jednostka administracji podatkowej mogą wnosić następujące dowody: nasze deklaracje (w: PITy 2017 program), księgi podatkowe, świadkowie, ekspertyzy biegłych, dane pochodzące z oględzin, dane pochodzące z kontroli podatkowej, dane pochodzące z postępowania w sprawach dotyczących przestępstw lub wykroczeń skarbowych oraz z postępowania karnego.
Podatnik będący stroną w postępowaniu skarbowym ma zapewniony nieograniczony wgląd w akta sprawy na każdym jej etapie. Oznacza to także możliwość uzyskania odpisu lub kopii tych akt. Zawierają one między innymi metrykę sprawy, protokoły, adnotacje, postanowienia oraz decyzję. Metryka jest rejestrem czynności przeprowadzanych przez reprezentantów organu podatkowego. Protokół stanowi dokumentację ważnej ze względu na finalną decyzję czynności — może dotyczyć np. opinii biegłego lub przesłuchania świadka. Z kolei mniej znaczące czynności postępowania dokumentuje się w adnotacjach. Postanowienia generalnie nie rozstrzygają istoty sprawy, lecz odnoszą się do poszczególnych jej aspektów wynikłych podczas postępowania. Decyzja stanowi formalne rozstrzygnięcie istoty rozpatrywanej sprawy.
Wydanie decyzji powinno być poprzedzone siedmiodniowym okresem na odniesienie się podatnika do zgromadzonych w postępowaniu dowodów. Z racji tego, że postępowania podatkowe prowadzone są w systemie dwuinstancyjnym, decyzja pochodząca z pierwszej instancji podlega odwołaniu w drugiej instancji. Organami odwoławczymi są zawsze jednostki administracji podatkowej wyższe hierarchią. Ewentualne odwołanie wnosimy w czasie czternastu dni od momentu doręczenia decyzji. W jego konsekwencji organ odwoławczy podejmuje i prowadzi sprawę aż do jej ostatecznego rozstrzygnięcia. Rozstrzygnięcie — zasadniczo również decyzja — podlega wykonaniu (jest ostateczne) z wyjątkiem sytuacji, gdy zostało ono wstrzymane w wyniku zaskarżenia do sądu administracyjnego. Jeżeli podatnik nie wykorzysta możliwości odwołania się od decyzji drugiej instancji, staje się ona ostateczną i tym samym kończy postępowanie. Postępowanie podatkowe może także zakończyć się decyzją o umorzeniu sprawy (między innymi z powodu przedawnienia). Od ostatecznej decyzji drugiej instancji można odwołać się (zaskarżyć ją) do wojewódzkiego sądu administracyjnego (postępowanie ponownie odbywa się w dwu instancjach). Jeżeli wyrok sądu wciąż wzbudza zastrzeżenia, istnieje wreszcie możliwość kasacji w Naczelnym Sądzie Administracyjnym.